“Fund people not project”, is the project-based funding scheme adequate?

Collegium Researcher Sophie Reichert, Ecology and Evolutionary Biology, Adjunct Professor, Department of Biology

The idea to write about project-based funding schemes for this blog piece originated from the recent French elections (yes there’s actually a link there). With these elections came a new government, with a new Minister of State for Higher Education and Universities. Not long after her appointment, the new minister stated that (French) public research should be an economically profitable investment and that project-based funding schemes should be generalised. Which led me to wonder whether such a funding scheme was actually adequate and “profitable” for research. Over the past of decades, European public research became increasingly concerned with performance objectives and relevance. More and more, the requirement of relevance for public research is becoming synonymous with its direct contribution to economic competitiveness and innovation. In response to this requirement for economic relevance, many Western governments have introduced specific policies to stimulate “scientific excellence”; and the funding of public research in the form of project-based grants and contracts gradually developed in many countries. The rise in project funding shifted control of research funds towards funding agencies that distribute these funds across individuals/groups; as opposed to a steady yearly research fund allocation (as it used to be the case). These funding schemes are grounded in the belief that differentiating resource allocations will produce better performance of the science system; but they generate financial capacity for a select number of individuals and research groups at the receiving end and increase the unequal distribution of funding in the science system. Governments hope that increasing concentration among researchers that perform ‘best’ will increase effectiveness, decrease low-quality research, and yield more and better outcomes for the science system. Continue reading

Posted in Personal thoughts | Tagged , | Leave a comment

Metals for the existence and applications of oligonucleotides with metal-mediated base-pairs

Tharun Kumar Kotammagari TCSMT Postdoctoral Research Fellow Bioorganic group Department of Chemistry University of Turku

Tharun Kumar Kotammagari
TCSMT Postdoctoral Research Fellow
Bioorganic group
Department of Chemistry
University of Turku

For our body to function, we need to supply it with a variety of nutrients that we get from our diet. However, our bodies can not use the food as it is when it enters our digestive system. The process of chemical digestion uses different proteins and enzymes to break down large molecules into usable nutrients that our cells absorb. Where are the instructions to manufacture these and all types of proteins we need to stay alive? The instructions to make proteins are contained within our DNA.

DNA is a biopolymer that stores the genetic information in the sequence of four nucleic acid bases – adenine (A), thymine (T), cytosine (C), and guanine (G). These bases are strung along with the ribbons of a deoxyribose sugar-phosphate backbone and form a double-helical structure with the help of hydrogen bonding. The above-mentioned proteins and Watson-Crick base pairing properties are well established in the literature. Metal ions such as K+, Na+, and Mg2+ are also responsible for catalyzing the reactions of metabolism and the correct folding of biopolymers (nucleic acids). Generally, the sugar-phosphate backbone carries a negative charge and these charges are partially neutralized by the aforementioned alkali and alkaline earth metals. These metal ions also play a key role in the central dogma of biology (replication, transcription, and translation). However, less attention is given to the inorganic components of a biological cell, which are required for a biopolymer to function.

Metal mediated base pairs form by replacing the hydrogen bonds between complementary nucleobases in DNA with coordinate bonds formed by the metals, especially transition metals. Coordinate bonds have more strength than the H-bonds and transition metals readily form coordinate bonds with nucleobases. Due to this DNA duplexes possessing metal-mediated base pairs show higher thermal stability than the natural H-bonded DNAs. Continue reading

Posted in Personal thoughts, Research | Tagged , , | Leave a comment

Constitutionalism and democracy in the EU

Massimo Fichera, Collegium Researcher, TIAS / the Faculty of Law

In my research project, I aim to analyse the phenomenon of constitutionalism beyond the State and more specifically the relationship between constitutionalism and democracy. European constitutionalism is employed here as an example. The idea is to explore the concept of constitutional time and consider how significant this is for the development of the EU as a polity.

Essentially, I analyse constitutionalism beyond the State from the angle of constitutional and legal theory, on the assumption that the dialectic between constitutionalism and democracy is not only unresolved but may be expressed simultaneously as tension and as a promise of renewal. This represents a further elaboration of my previous work on the security of the European project, i.e. a form of political morality that embraces the duality between self-preservation and self-empowerment, change and permanence. Security is thus more than mere stability and ought to be seen as a meta-constitutional rationale that permeates processes of polity-building. As I have argued previously, following the multiple crises of the European Union, for the first time all six dimensions of security have been affected, i.e. spatial, temporal, ontological, popular, epistemic and reflexive.

My current project focuses first of all on the temporal dimension, which looks at EU integration as an ongoing process. Secondly, the reflexive dimension addresses the questions of ‘how to be secure as a polity?’ and ‘what does it mean to be secure?’ Finally, I elaborate the notion of communal constitutionalism, which is supposed to be future-oriented, and stretch out to include future generations. A new form of discursive constituent power (i.e. the power to establish a constitution) is suggested, which is exercised through discourses and therefore combines theories of deliberative constitutionalism with constitutional pluralism. According to communal constitutionalism, a plurality of actors is involved in constituent activity, including courts, supranational institutions, media, scholars and other non-State actors, and levels of decision-making at the local (national and sub-national) level should be promoted.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Sugar boost for photosynthetic microorganisms to improve biotechnology applications

Tuomas Huokko, TCSMT Postdoctoral Researcher, Molecular Plant Biology

Tuomas Huokko, TCSMT Postdoctoral Researcher, Molecular Plant Biology

Today’s society is still to a great extent dependent on fossil fuels because we use them plenty to e.g. run our vehicles, heat our homes, provide us with electricity and power different industrial sectors. As is well known, fossil fuels are not infinite energy source and importantly contributing heavily to the accumulation of greenhouse gases. Thus, humankind faces a major challenge to replace these by alternative energy sources which would be carbon-neutral and completely renewable.

Solar energy is the most abundant energy source available on Earth. Cyanobacteria are an exceptional group among prokaryotes due to their ability to perform oxygenic photosynthesis where physical energy from sunlight is converted to chemical energy to reduce atmospheric CO2, having water as an electron source, and releasing O2 as a by‐product.  Using synthetic biology photosynthetic cells can be modified to living cell factories to produce e.g. fuels, chemicals and food supplements in a sustainable way with energy from photosynthesis. In addition, some cyanobacterial species can grow under photomixotrophy which is a metabolic state that enables photosynthetic microorganisms to simultaneously perform photosynthesis and utilize imported organic carbon substrates which leads to improved biomass production, and consequently to higher yields of desired valuable compounds when compared to photosynthesis alone. Thus, photomixotrophic growth provides an interesting opportunity for blue and circular bioeconomy through acceleration of biomass production by utilization sugar side streams e.g. from wood industry.  Additionally, genetically engineered photosynthetic microorganisms can act as a chassis for the whole cell photobiotransformation enabling sustainable synthesis of organic compounds because several enzymes utilised as photo-biocatalysts use reducing agents deriving from light-driven photosynthetic electron transfer reactions. Continue reading

Posted in Personal thoughts, Research | Tagged , , , | Leave a comment

Healing the world, one book at a time

Olga Cielemęcka
TIAS Postdoctoral Researcher
Department of Gender Studies

A book can be a lifeline. It can bring hope, comfort, or respite from reality. Stories make time go by faster; they can transport the reader to a different, more hopeful, place and time.

Since the summer of 2021, holding facilities for asylum-seekers in Poland have filled up to their limits, as many people on the move fell victim to the Belarus self-proclaimed “last and only European dictator,” Alexander Lukashenko’s hybrid war against the European Union. In holding centres and border detention facilities across Poland, Lithuania, and Latvia, asylum seekers, adults and children, await legal decisions on what is going to happen to them next. Living conditions are often harsh and put a major strain on the mental health of people staying there. Asylum seekers are crammed together, the use of smartphones is not allowed, and Internet access is strictly limited, leaving people isolated and often deprived of contact with their dear ones. Time outdoors is also restricted. There are too few interpreters and cultural assistants to explain the situation, walk asylum-seekers through the complicated legal procedures, and inform them about their rights, which only adds to the stress of being in a strange and frightening environment. At home they were students, architects, farmers, and poets, now all they can do is wait.

For people waiting, often for months on end, life-altering decisions with little contact with the outside world and unsure what the future holds for them, books can feel like a shelter. Imagine not being able to read a bedtime story to your kid. Picture yourself arriving in a new country with a different culture and language you don’t understand. If religion is an important part of your life, imagine you don’t have access to your holy texts.

Libraries Without Borders is a grassroots campaign born out of a need to support and show solidarity with people affected and traumatised by military conflict, border violence and forced displacement, and seeking safety in Europe. The campaign is run by volunteers and activists, whose goal is to provide books in languages such as Arabic, Sorani, Kurmanji, Turkish, Farsi, Pashto, Dari, French, and many others, to refugees in holding facilities in Poland. Books are being collected across the country and beyond, and new ones are purchased with the money raised by the collective.

The support for the initiative is coming from many ends: the City Library in Turku has joined the campaign with book donations; a Polish school in Qatar gifted children’s books in Arabic; a Muslim community in Brussels sent in Qurans. Since the start of the campaign in January, over a thousand books have been sent to asylum seekers and libraries in refugee camps in Poland. Most popular are language dictionaries and novels, but we also receive regular requests for board games, card decks, mp3 players for music, and art supplies.

The Libraries Without Borders’ bookplate is stamped inside each donated book.

One of the challenges the campaign organisers have faced was to provide books in Kurdish languages – Sorani, Central Kurdish language commonly spoken by Kurds in Iraq, and Northern Kurdish known as Kurmanji. While many members of the Kurdish minority, fleeing oppression and violence in their countries, seek refuge in Europe, publications in Kurdish languages are few and hard to come across. Libraries Without Borders partnered with a community-run independent Kurdish bookstore Ktebhen in Berlin, to make sure that anyone who wants to donate a book to a Kurdish refugee in Poland, can easily do so.

To donate books for people in refugee centres in Poland, go to Ktêbhên’s website and choose books from the “DONATION” list (the bookstore prepared a selection of 56 titles!). With the code “PolandLWB”, shipping from Berlin to Poland is free.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Vastaväittäjänä vieraassa maassa

Dosentti, Jetro J. Tuulari
TSCMT kollegiumtutkija
Kliininen laitos, psykiatria

Väitöstilaisuus on selkeä virstanpylväs, siirtymäriitti tieteentekijöiden yhteisön jäseneksi. Oman väitöksen lisäksi olen päässyt seuraamaan yhden ohjattavan ja monen tutkijakollegan väitöstä. Vaikka Suomen järjestelmässä väitöstilaisuus on seremoniallinen, tunnelma on usein tiivis – jännityksestä kustoksen ilmoittamasta väitöksen alusta hänen toiseen puheenvuoroonsa, joka päättää tilaisuuden.

Väitöskäytännöt vaihtelevat maittain ja kun sain viime vuoden lopulla kutsun Englantilaiseen yliopistoon vastaväittäjäksi hyväksyin kutsun innoissani. Lontoossa sijaitsevan Kings Collegen protokollassa väitös on englantilaiseen tapaan suljettu tilaisuus, thesis examination, eli väitöskirjan tarkastus tai koe. Tohtorikandidaatti on myös mahdollista reputtaa tässä kokeessa ja väitöskirjaan voi edellyttää suuriakin muutoksia. Saamissani ohjeissa kerrottiin seikkaperäisesti, miten väittelijää pitää testata ja annettiin lupa olla tiukka, mutta toisaalta myös kannustettiin inhimillisyyteen ja mm. kehotettiin antamaan niin monta taukoa väitöksen aikana kuin kandidaatti toivoo. Continue reading

Posted in Personal thoughts | Tagged , | Leave a comment

Saako evoluutionäkökulman yhdistää kielenmuutokseen?

Outi Vesakoski, kollegiumtutkija, TIAS/Suomen kieli ja suomalais-ugrilainen kielentutkimus

Halusin nuorna tyttönä elää keskiajalla. Hoitaa eläimiä ja elää metsästä. Sittemmin tajusin, että mielikuva ihmisen ja luonnon harmonisesta suhteesta oli vahvasti liioiteltu ja että ihmisillä oli tapana kuolla nuorena ja sairaina.

Päädyin vain tutkimaan menneisyyttä. Otin akateemista vauhtia ekologisesta lajiutumisesta, mutta nyt tutkin kielievoluutiota siinä missä muut evoluutioekologit tutkivat biologista evoluutiota. Sovellamme BEDLAN-työryhmässä (kuva 1) evoluutiobiologian – ja geostatistiikan ja laskennallisen tutkimuksen – menetelmiä laajoihin kieliaineistoihin ja selvitämme kielievoluution muutosmekanismeja.

Kuva 1. Ks. tarkemmin www.bedlan.net

Evoluutio on muutosta

Evoluutio on muutosta populaation keskiarvossa jossain perinnöllisessä piirteessä – vaikkapa kasvin kemiallisissa ominaisuuksissa. Myös kielenmuutos on ajan myötä tapahtuva muutos puhujapopulaation kielenkäyttötavassa. Kielenmuutos tai kielievoluutio eivät siis tarkoita muutosta kenenkään yksilön tavassa käyttää kieltä elämänsä aikana.

Kielenmuutos on mekanistisesti sosiolingvistinen ilmiö – miten innovaatio leviää populaatiossa. Sillä on myös spatiaalinen ulottuvuus – murteet ja kielet ovat kielellisen vaihtelun alueellista ilmentymää. Oma kiinnostukseni on tiukasti menneisyydessä: Miten kielen alueellinen vaihtelu ja siitä seuranneet murteet (kielen mikroevoluutio) ja kielikunnat (kielen makroevoluutio) kehittyivät aikana ennen mediaa ja internettiä, aikana jolloin tarvittiin puhujapopulaatioiden fyysinen kontakti kielenpiirteiden leviämiseen.

Kielievoluutio on sekä vertikaalista että horisontaalista

Osa kielenpiirteistä periytyy vertikaalisesti, puumaisesti aikaisemmalta kohortilta seuraavalle tai populaation jakautuessa kantaryhmästä tytärryhmiin. Horisontaalitaso viittaa taas kielikontakteihin, joissa kielipiirteitä siirtyy murteesta ja kielestä toiseen: Ihmiset oppivat toisiltaan uusia äänteitä, matkivat prosodiaa eli intonaatiota ja omaksuvat uusia sanoja ja kielen rakenteita.

Vertikaalisen evoluution kuvaamiseksi biologiassa on kehitetty fylogeneettisia malleja. Ne mallintavat evoluution kahtiahaarautumista – joskin haarojen pituudesta ja tukiarvoista arvioidaan kahtiahaarautumisen ja polytomisen haarautumisen todennäköisyys. Myös kielen fylolingvistiikka perustuu biologisiin mutta kielille muokattuihin evoluutiomalleihin (Greenhill et al. 2020). Fylolingvistiikka käyttää useimmiten ns. perussanalistoja, joissa olevat merkitykset (sanat) ovat kielen pysyvintä osaa vastaten genomin ultrakonservatiivisia alueita. Aineiston ytimenä on kognaattitieto: miten merkitys sanotaan kussakin kielessä, ja ovatko eri kielten sanat samaa alkuperää keskenään eli kognaatteja.

Luiden päällä on kuitenkin lihaa, eli perityn aineksen lisäksi kielievoluutiota muokkaa lainautumalla siirtyvä aines. Fylolingvistiikassa rakennetaan parhaillaan keinoja vertikaalin ja horisontaalin evoluution yhdistämiseen. Samaa työtä tehdään myös biologisen evoluution parissa: Viime vuosina geenitekniikoiden kehittyessä biologien leuat ovat olleet koetuksella loksahtelun takia, sillä ryhmä toisensa jälkeen raportoi lajista toiseen siirtyneistä genomin osista. Horisontaalia transmissiota – aineksen lainautumista – on siis muillakin kuin bakteereilla ja kulttuureilla.

Kumulatiivista tutkimusta

Laskennallisen kielievoluutiotutkimuksen kantava piirre on kumulatiivisuus. Julkaistua aineistoa, analyysia, hypoteesia tai teoriaa testataan ja parannetaan, ja julkaistaan toinen paperi. Seuraava ryhmä jatkaa tästä. Fylogeneettisten mallien kehitys onkin ollut merkittävää viimeisen 20 vuoden aikana niin biologisen kuin onneksi kielellisen evoluution tutkimuksessa. Glottokronologian ja leksikostatistiikan kehitys sen sijaan tyssäsi 1950-luvulla niiden saaman huonon maineen vuoksi.

Entäpä populaatiogenetiikan tarjonta?

BEDLAN-työryhmän tulokulma vertikaalin ja horisontaalin kielenmuutoksen yhdistämiseen on erilainen. Kaivamme kyllä esille uralilaisen kielikunnan luurangon käyttäen sanaston ultrakonservoitunutta osaa ja fylolingvistisiä menetelmiä. Tiedämme kuitenkin, että biologiassa kontaktissa olevien ryhmien divergenssin (eriytymisen) ja konvergenssin (sekoittumisen) analysointiin ei käytetä puumalleja, vaan populaatiogenetiikan admixture-malleja. Uskon, että uusien aineistojen ja populaatiogenetiikan mallien tullaan saamaan lihat luitten päälle.

Testasimme populaatiogenetiikan lähestymistapaa Lauri Kettusen Suomen murrekartastolla (Syrjänen et al. 2016) sekä itämerensuomalaiskielten aineistoilla (Honkola et al. 2019), joista molemmat kuvaavat kielen alueellista vaihtelua aikana ennen massamediaa. Tarkoitus ei ole vain tehdä murrekarttoja, vaan painia uusin ottein kielitieteen vanhojen kysymysten kanssa.

Esimerkkinä uusien menetelmien antamista mahdollisuuksista olkoon kuitenkin murrerajojen etsintä. Isäni seminaarityö vuodelta 1972 Turun yliopiston Suomen kielen laitoksella käsitteli savolaiskiilan ja eteläpohjanmaan murteen rajaa Kortesjärvellä. Hän tutki seitsemää murrepiirrettä, ja päätyi toteamaan, että kiilan sijaintia ei voi varmasti paperille piirtää, sillä eri piirteet rajaavat murteen eri tavoin. Hän kuitenkin esitti kartan (kuva 2).

Me sen sijaan otimme käyttöön kaikki Kettusen murrekartaston 213 murrepiirrettä kaikista 525 suomen kieltä puhuvasta pitäjästä, populaatiogenetiikan mallipohjaisen STUCTURE –ohjelman sekä paikkatietomenetelmät tuloksen visualisoimiseen. Kysyimme ohjelmalta, että millainen on maan murrejako, jos murteita on 2, 3, 4…8. Vastauksena oli kullekin pitäjälle tuotettu frekvenssiarvo. Kuva 2 kertoo Etelä- ja Keski-Pohjanmaan pitäjien kuulumisesta K=8 klusteroinnissa eteläpohjanmaahan (oranssi), keskipohjanmaahan (sininen) ja savolaismurteisiin (vihreä). Populaatiogenetiikan klusterointimenetelmät eivät oleta tarkkoja rajoja populaatioiden välille, vaan antavat todellisen kuvan tilanteesta: savolaisuus, keskipohjalaisuus ja eteläpohjalaisuus esiintyvät eri vahvuisina eri pitäjissä.

Kuva 2. Vasen: Savolaiskiilan sijainnista (pisteviivoitettu alue) Risto Vesakosken vuoden 1972 seminaarityössä. Keskimmäiset kuvat: Savolaiskiilan sijainti Syrjänen et al. (2016) mallipohjaisen ryhmittelyanalyysissa. Oikea kuva: Analyysi tuottaa kullekin pitäjälle frekvenssiluvun kuuluvuudesta eri murrealueisiin. Aineisto, analyysi ja tulkinta löytyvät artikkelista.  https://bedlan.net/publications/

 

Uusi tulokulma, uudet mahdollisuudet

Voimme nyt mitata murteiden välistä divergenssiä (Honkola et al. 2018) ja konvergenssia (Santaharju et al. lähetetty käsikirjoitus) ja etsiä niille syitä. Vihdoin voimme testata tilastollisesti miten hallinnolliset, kulttuuriset ja luonnonmaantieteelliset tekijät ovat muokanneet murremaisemaa ja populaatioiden välisiä kontakteja. Parasta on, että kieliaineisto on pitäjäkohtaisina frekvensseinä yhteismitallinen Suomen geneettisen aineiston kanssa (Kerminen et al. 2021), mikä mahdollistaa ihan uudet lähestymiset ihmisen diversiteetin tutkimukseen.

Oleellista on, että populaatiogenetiikan menetelmät ovat sovellettavissa myös kielikuntien tutkimiseen. Tämä on mahdollista juuri nyt, kun uusia typologisia aineistoja on tulossa ulos. Zürichin yliopisto julkaisi juuri uuden version AutoTyp –aineistostaan, maailman kielten uusi typologinen Grambank-aineisto on arvioinnissa Science-lehdessä (Turun yliopisto on tietenkin mukana) ja maaliskuussa julkaistaan uusi uralilainen typologinen aineistomme UraType (kuva 3).

Kuva 3. Esimerkkejä UraTyp-aineiston kysymyksistä (Moilanen et al. 2021).

Uralilainen yhdistelmä

Seuraava vaihe onkin yhdistää tunnetut sanastolliset kielikontaktit (de Heer et al. 2022) typologisiin kontakteihin ja vertikaalisen evoluution luurankoon. Kokeilimme mallintaa uralilaisen kielikunnan sisäisiä kontakteja populaatiogenetiikan tulokulmasta. Parhaiten aineistoon sopi malli, joka jakoi kielikunnan neljään eri komponenttiin (kuva 4). Nämä ”kontaktialueet” yhdistävät evolutiivisesti eronneita uralilaisten kielten haaroja.

Kuva 4. UraTyp aineiston fast-STRUCTURE analyysi. Aineisto ja analyysi selitetään tarkemmin Norvik et al. 2022, Journal of Uralic Linguistic (ensimmäinen numero julkaistaan maaliskuussa). Uralilaisten kielten kartat, sites.utu.fi/URHIA. Perinteinen puumalli: Korhonen 1981.

 

Kerettiläisyyttä vai ei?

On selvää, että kielenmuutos ei ole täsmälleen samanlainen prosessi kuin biologinen evoluutio. Leino et al. (2020) kirjankappaleessa perustelemme, miksi erilaisuus ei kuitenkaan estä tarjoilemasta ideoita ja aineistoja tieteiden välisen raja-aidan yli, ja avaamasta uusia mahdollisuuksia kielievoluution ja ihmisen kielellisen menneisyyden ymmärtämiseen.

 

Lähteet:

Greenhill SJ, Heggarty P, & Gray RD. 2020 Bayesian Phylolinguistics. In Janda RD, Joseph BD, & Vance BS (Eds) The Handbook of Historical Linguistics, Volume II, pp. 226–253. Wiley-Blackwell: New Jersey.

Honkola, T., Santaharju, J. , Syrjänen, K. & Pajusalu, K. 2019: Clustering lexical variation of Finnic languages based on Atlas Linguarum Fennicarum. Linguistica Uralica 55:3. https://dx.doi.org/10.3176/lu.2019.3.01

Honkola, T., Ruokolainen, K., Syrjänen, K., Leino U, Tammi, I, Wahlberg, N. & Vesakoski, O. 2018. Evolution within a language: Environmental differences contribute to divergence of dialect groups. BMC Evolutionary Biology. 18:132. https://doi.org/10.1186/s12862-018-1238-6.

Kerminen S., Cerioli N., Pacauskas D., ym. (2021) Changes in the fine-scale genetic structure of Finland through the 20th century. Plos Genetics 17, e1009347.

Leino, U., Syrjänen, K. & Vesakoski, O. 2020: Linguistic change and biological evolution. Ryan Nefdt, Carita Klippi & Bart Karstens (eds.), Interdisciplinary Perspectives on the Philosophy and Science of Language. Palgrave Macmillan.

Moilanen, U., Pesonen P., Norvik, M., Saipio, J., Vesakoski, O., Immonen, V. & Onkamo, P. 2021: New tools for studying Finnish archaeology and Uralic languages. Antiquity 95(323), E30. https://doi.org/10.15184/aqy.2021.113.

Syrjänen, K.*, Honkola, T.*, Lehtinen, J., Leino, A. & Vesakoski, O. (2016) “Applying population genetic approaches within languages: Finnish dialects as linguistic populations”, Language Dynamics and Change 6: 235-283. DOI: 10.1163/22105832-00602002.

Posted in Research, Uncategorized | Leave a comment

Kimmo Luoma

Kimmo Luoma
Collegium Researcher, Laboratory of Quantum Optics

My first year as a collegium researcher in Turku is behind and now is a good time to look back how the year has gone by. Already for my undergraduate and graduate studies I have been in Turku so coming back here felt like coming back home. Scientists, as well as everyone else have been greatly affected by the covid pandemic during the last two years. Besides a lot of worries, it has not only been a bad thing, though. The pandemic has helped, or rather forced us all to embrace the possibilities of various online tools for meetings, teaching and research.

I spent almost six years in Germany after my PhD and a lot of my research is done in collaboration with people from all over the world. As a consequence of moving during the pandemic, nothing much actually changed in my day-to-day business; still most of my meetings take place online. The surroundings changed from the vineyards at Elbe river valley to the beautiful Archipelago surrounding us here in Turku.

My first year here has been also a busy one. I have started setting up my own research group at the Department of Physics and Astronomy for the first time, and the process has been very exciting.
Now we are up and running and doing theoretical physics on the intersection of quantum optics, open quantum systems and quantum thermodynamics with applications to quantum technologies.
I am associated with the Laboratory of Quantum Optics at the Department of Physics and Astronomy. Our lab shares here a corridor and – maybe even more importantly – a coffee room with the Laboratory of Theoretical Physics, which had made it easy to integrate at the Department. It has been a great joy to be talking to other researchers at the „corridor“ (following the corona restrictions, of course), exchanging ideas, and forming new collaborations.

Scientific and university life in general does not look the same as before the pandemic.
I do miss old fashioned paper and pen discussions or having casual coffee table discussion by the blackboard not mention the color which the students bring on the campus on a daily basis.

I am hopeful that we are moving towards more normal times and for a coffee and and interesting discussion soon!

Posted in Personal thoughts | Tagged , | Leave a comment

Huomioita puuriveistä

Karoliina Lummaa, Kollegiumtutkija, TIAS / Kotimainen kirjallisuus. Kuva: Sirpa Ryyppö

Puut ovat kasvaneet yhä suoremmin sekä metsissä että runoudessa 1970-luvulta alkaen. En ole suomalaisen luontorunouden tutkijana tästä yllättynyt. Tein pitkään töitä linturunouden parissa ja totuin DDT:n myrkyttämiin, pesäpuunsa menettäneisiin ja kaupungistuneisiin lintuihin. Bongasin runoudesta muutaman rengastetunkin linnun ja opin näkemään, kuinka ihmisen toiminta luonnossa näkyy myös runoteoksissa.

Tällä hetkellä tutkin suomalaisen nykykirjallisuuden metsäkuvauksia sekä luonnonvara-alan ja luonnontieteellisen kirjallisuuden tapoja jäsentää metsäluonnon kulttuurisia merkityksiä. Näen jännittäviä yhtäläisyyksiä ja risteämiä taiteen, tieteen ja luonnonvarahallinnan metsäkäsityksissä. Luonnonvarahallinnassa puhutaan kulttuurisista ekosysteemipalveluista, ja runoudessa sommitellaan säkeitä hiilensidonnasta ja biodiversiteetistä. Ikimetsän soittolista -kokoelmassaan (2021, Aviador) Janette Hannukainen riimittelee: ”Oi sinä hellin hengittäjäiseni / halutuin hapen antajaiseni”. Niin tutkimuksessa kuin taiteessakin korostetaan metsien tuottavan ihmiselle aineellista ja aineetonta hyvää.

Suomalaisessa runoudessa metsäluonnonvarojen tehostuneesta käytöstä alettiin kirjoittaa 1970-luvun mittaan yhä enemmän – katseen tarkentuessa usein suorina kasvaviin ja kaadettaviin puihin. Paavo Haavikon kokoelmassa Runoja matkalta salmen ylitse (1973, Otava) on seuraava yksisäkeinen, mutta monitulkintainen runo: ”Puut kasvavat täällä kohtisuoraan.”

Metsiä ojentava suoruuden ja suorakulmaisuuden ihanne jäljitettiin runoudessa usein kaupunkeihin. Hannu Salakka kuvasi kaupunkiluonnon luonnottomuutta kokoelmassaan Ennen kaipasin tähän (1983, Otava): ”Puiden juurille pääsee hissillä / mutta metsä on puisto, / ei kiveä tai oksaa johon kompastua”. Samassa runossa runon puhuja toteaa: ”Istun lasin takana / ja ihmettelen neliöitä, / joita arkkitehdit aina piirtävät.”

1970- ja 1980-lukujen runouden metsissä puut olivat usein vaakasuorassa, kaatumassa tai kaatuneina. Kokoelmassaan Itkevät kannot (1982, Karisto) Veikko Haakana kirjoittaa: ”Tukkiautoja täysin lastein yötä päivää / ruumisautoja / tästä ohitse Nelostietä etelään.” Vaakasuoraan ladotut puuruumiit metsäteollisuuden kuvana on toki vanha ja esiintyy esimerkiksi Pentti Haanpään novellissa ”Puolimiljoonaa puunrunkoa” kokoelmassa Karavaani (1930, Kansanvalta). Uusimmassa runoudessa puuruumiista kirjoittaa Erja Laakkonen teoksessaan Metsä vastasi minulle (2020, Kirjokansi): ”Metsä mielettä makaapi / salon sielu on sahalla / Haapa haltian hakattu / viety varjo vartijalta”.

Elävien puiden suoriin istutetut rivit komeilevat tiheinä Jouni Tossavaisen runokokoelmassa Metsännenä (1990, Kustannuskiila). Puurivit ovat ihmisen käsialaa: ”Kaikki kävelivät mutkia metsässä. Paitsi ihminen joka panee / pieniä puitaan suoraa kulmaa silmällä pitäen. [–] Niin on puiden tilalle saavutettu tasapää metsä.” Toisaalla kokoelmassa todetaan: ”Minä tiedän että metsällä on ääri, syrjä ja sivu. Minä tiedän, / minä en pelkää mitä metsän takana on. Kiitos / laboratoriotalouden minun ei tarvitse mitään yllättävää / puittesi takaa odottaa. [–] Ei ole / oravametsää, ei ole jänismetsää. En mene kalametsään. On runometsä, on rahametsä / jokaisen lukutaitoisen päässä.”

Tossavaisen runot ivaavat ihmisen vankkumatonta uskoa luonnon hallintaan, mutta ne myös vertailevat erilaisia metsien käyttötapoja toisiinsa. Edellä lainatuissa säkeissä rinnastetaan luvut ja lukeminen – siis taloudellisen hyödyn tavoittelu ja taiteellinen tunnelmointi, jotka usein nähdään toistensa vastakohtina. Metsännenässä Tossavainen kirjoittaa myös: ”Kun puun ekologinen ja esteettinen arvo ylittää sen raaka- / aineen arvon, hänet säästetään.” Raaka-aineena puu on ”sitä”, ihmisen silmää miellyttävänä tai ekosysteemin toimintaa kannattelevana ”hän”.

Talousmetsää. Kuva: Ate Tervonen

Mikael Bryggerin esikoiskokoelmassa Valikoima asteroideja (2010, Poesia) on kuvaruno, jossa kasvatetun metsän suorat rivit ja neliöt tulevat visuaalisestikin havaittaviksi. Kokoelman sivulle 35 on sommiteltu p- ja u- kirjaimista säännönmukainen kärjellään seisova neliö, jonka keskellä on kirjaimeton, neliönmallinen aukko. Sivun oikeassa laidassa on suuraakkosin ladottu otsikko ”METSÄ”. Otsikko ohjaa hahmottamaan neliössä risteilevistä p- ja u-kirjaimista ”puu”-sanoja. Bryggerin visuaalisen runon voi katsoa vastaavan näkymää istutetussa ja hakatussa metsässä, vaikka runossa tapahtuu ja on tietysti paljon muutakin.

Runous välittää esteettisiä odotuksia ja arvoja, joita ihminen metsiin kohdistaa. Puurivistöjen suoruus kiinnittää metsässä huomiota, koska sellaista suoruutta ei koeta luonnolliseksi. Metsäalan tietoa yksiin kansiin kokoavassa, muutaman vuoden välein uudistettavassa Tapion taskukirjassa (2018, s. 209) Luonnonvarakeskuksen tutkijat Tuija Sievänen ja Liisa Tyrväinen kirjoittavat: ”Eniten pidetään luonnonmukaiselta näyttävästä metsästä, jossa ei näy suoraan intensiivisen metsätalouden jälkiä, kuten laajoja avohakkuita, kantoja, hakkuutähteitä tai maanpinnan käsittelyä.” Metsän kauneuskriteerejä pohtinut ympäristöestetiikan professori emeritus Yrjö Sepänmaa (2006, s. 244) puolestaan on todennut: ”Vieraimmaksi koetaan puupelto: geometrisiin muodostelmiin istutetut samanikäiset puut.”

Geometrisyys kiusannee metsänkävijän silmää siksi, että metsässä ihminen odottaa näkevänsä ja kokevansa luonnon omaa järjestymistä. Puiden olisi sijoituttava niiden omien tarpeiden ja taipumusten mukaan, tuloksena lajienvälisistä prosesseista, joihin ihminen ei ole puuttunut. Suoriin riveihin istutetuissa puissa ei näy metsän vaan ihmisen kädenjälki.

Runouden puiden suoruus viittaa kuitenkin aina tavalla tai toisella ihmisiin. Kaadetun puun vaakasuoruus vertautuu ihmisruumiiseen, ja suoriin riveihin istutetut puut kertovat ihmisen vallasta luontoon. Puiden oman toiminnan kuvitteluun suorat ja neliöt taipuvat huonommin. Puiden suhteet muihin lajeihin ovat kierteisiä ja verkottuneita, ja niiden biofysikaalinen elämä haarautuu juurina ja oksina ja hajaantuu kaasuina, hiukkasina ja siemeninä sinne tänne.

Ehkä puu on suora lopulta aina vain ihmiselle?

Tutkimuslähteet:

Sepänmaa, Yrjö 2006. Millainen metsä on kaunis? Teoksessa Riina Jalonen, Ilkka Hanski, Timo Kuuluvainen, Eero Nikinmaa, Paavo Pelkonen, Pasi Puttonen, Kaisa Raitio & Olli Tahvonen (toim.) Uusi metsäkirja. Helsinki: Gaudeamus. 241–246.

Sievänen, Tuija & Liisa Tyrväinen 2018. Metsän virkistys- ja matkailukäyttö. Teoksessa Satu Rantala (toim.) Tapion taskukirja. 26. uudistettu painos. Tapio Oy & Metsäkustannus Oy, Helsinki. 203–212.

Posted in Uncategorized | Leave a comment

Early life nutrition for lifelong benefit: An insight from gut microbiome research into my baby’s feeding journey

Pande Erawijantari

Pande Erawijantari
TCSMT Postdoctoral Researcher

Over the past six years, I received various opportunities to explore a small-but-diverse universe, a collection of microorganisms that lives within us, known as the human microbiome. This fast-developing research field of human microbiome led me to venture out from my original field of biology into learning how to code and importantly connecting the dots from data to potential clinical applicability and daily habit. Besides the abundance in human microbiome numbers and remaining mysteries surrounding them, what intrigues me the most is the association of its compositions, particularly those living in the gut, into later health status and even mortality risk.

When my baby was born last spring, I remembered certain findings that the majority of microbiome colonization occurs in early years of life. Then, I started to wonder what I can do to nurture my baby’s microbiome so that she could get the long-term health benefit. While pondering about this idea, I constantly remind myself to not oversimplify it, especially because the composition of our “little friends” is driven by a complex interaction between host genetics and environmental factors, such as diet, lifestyle, and geography. Particularly in babies, mode of delivery (vaginal or cesarean section delivery) has shown to be largely impacting the early microbiome colonization. Environmental exposures, including diet, then later influence their microbiome dynamics. Continue reading

Posted in Personal thoughts, Research | Tagged , , | Leave a comment